Desde sus inicios, el Colegio Huinganal le ha dado gran importancia a la Educación Física y la práctica de distintos deportes como pieza fundamental para desarrollar una educación integral. Durante los primeros años en el colegio, se comienza a trabajar la motricidad gruesa y fina, se les inculcan hábitos de salud, y progresivamente se les va introduciendo distintos deportes.
Desde 5º básico empieza la participación oficial en las ramas deportivas que el Huinganal ofrece a sus alumnos: Atletismo, Fútbol y Rugby. También el Mountain Bike es un gran protagonista, ya que el colegio cuenta con un circuito oficial de XCO dentro de sus instalaciones.
